COLNE tiene como propósito fundamental fomentar la investigación e integración de los investigadores Colombianos en el campo de las Neurociencias, entre sí y con la comunidad internacional. De esta forma contribuir al desarrollo de soluciones básicas y aplicadas de los problemas científicos de frontera del campo. Para lograrlo promoverá el desarrollo de la comunidad científica especializada dentro de un ambiente de colaboración intelectual, camaradería e identidad gremial, que pueda proponer a corto, mediano y largo plazo, vías de difusión, apropiación y aplicación social de los conocimientos científicos.